Órgano de dirección y gestión misional con poder decisorio y consultivo encargado de los procesos de investigación e innovación. Promueve la generación de conocimiento y dispone de las herramientas necesarias para el fortalecimiento de la investigación básica y aplicada, la gestión de la innovación, de la propiedad intelectual y la transferencia de conocimiento y tecnología.

La Vicerrectoría de Investigaciones e Innovación, estará a cargo del Vicerrector de Investigaciones e Innovación y tendrá la siguiente organización:

• Departamento de Biblioteca e Información Científica 
• Centros de Investigación 
• Grupos 
• Unidades de Apoyo a la Investigación
• Unidades de Apoyo Experimentales

1. Apoyar al Rector en la formulación de políticas, gestión, ejecución, seguimiento y evaluación de iniciativas, líneas, planes, programas de investigación e innovación que adelante la Universidad.
2. Dirigir, planificar y fomentar la investigación e innovación en la comunidad académica como componente esencial de la formación profesional y curricular en los distintos programas académicos de la Universidad.
3. Coordinar el Sistema de Investigación e Innovación de la Universidad y definir las líneas, planes y programas de investigación de las diferentes instancias que lo conforman y conllevan al fortalecimiento institucional científico.
4. Gestionar actividades administrativas, financieras, documentales y de mantenimiento relacionadas con los proyectos de investigación y otras acciones derivadas del funcionamiento de la Vicerrectoría.
5. Apoyar el seguimiento de los proyectos de investigación, convenios, cartas convenio y otros que por su naturaleza le sean asignados.
6. Divulgar y promover en la comunidad universitaria, servicios y convocatorias internas y externas de investigación, formación, intercambio e internacionalización científica.
7. Acompañar a las instancias y estamentos institucionales, en los procesos de gestión y consolidación de alianzas con el objeto de desarrollar actividades y proyectos de investigación.
8. Diseñar e implementar los mecanismos de evaluación, seguimiento, monitoreo y mejora continua del impacto científico de centros de investigación, unidades de apoyo a la investigación, grupos y semilleros de investigación, investigadores y proyectos.
9. Fomentar acciones para la conformación de redes de investigación, el intercambio académico y la participación en eventos científicos de importancia institucional del orden nacional e internacional.
10. Gestionar la protección de la propiedad intelectual y proponer estrategias para mejorar la visibilidad de la producción académica, la difusión y divulgación de los resultados de investigación e innovación.
11. Incentivar la creación de grupos y semilleros de investigación, la consolidación de líneas, planes y programas de investigación por medio de proyectos encaminados a la solución de las problemáticas de los sectores sociales y productivos.
12. Gestionar y supervisar los trámites de los permisos necesarios para el desarrollo de los procesos de investigación en los que participe la institución.
13. Promover y apoyar acciones de transferencia y apropiación social de conocimiento desde las diferentes instancias que conforman el Sistema de Investigación e Innovación de la Universidad.
14. Las demás que le sean asignadas y sean inherentes a la naturaleza de la dependencia.

Representante de los Decanos

• Mónica Sirley Celis Granada
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Representante de los Docentes

• Yelly Yamparli Pardo Rozo
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Representante de los Egresados

• Acuerdo No. 064 de 1997 del Consejo Superior, Por el cual se adoptan las Políticas de Investigación en la Uniamazonia.
• Acuerdo No. 001 de 2002 del Consejo Académico, Por el cual se institucionalizan los Grupos de Investigación en la Universidad de la Amazonia.
• Acuerdo No. 002 de 2002 del Consejo Académico, Por el cual se adoptan criterios para la Formulación, Presentación de Avances y Evaluación de Proyectos de investigación en la Universidad de la Amazonia.
• Acuerdo No. 003 de 2005 del Consejo Superior, Por el cual se expide el estatuto del Investigador en la Uniamazonia.
• Acuerdo No. 014 de 2006 del Consejo Académico, Por el cual se reglamenta el Artículo segundo del acuerdo 02 de 2002 (El investigador que cumpla regularmente con el acta de compromiso, en un proceso. investigativo, contará con prioridad al solicitar financiación de nuevos proyectos) del Consejo Académico.
• Acuerdo No. 003 de 2018 del Consejo Superior, Por el cual se expide el Estatuto de Propiedad Intelectual de la Universidad de la Amazonia.
• Acuerdo No. 020 de 2018 del Consejo Superior, Por el cual se crea el Comité Institucional de Ética  y Bioética en Investigación. 
• Acuerdo No. 001 de 2023 del Consejo Superior, Por el cual se modifica de forma parcial el Estatuto de Propiedad Intelectual de la Universidad de la Amazonia.
• Acuerdo No. 038 de 2023 del Consejo Superior, Por el cual se define la naturaleza del CIMAZ.

• Autoridad Nacional de Licencias Ambientales - ANLA - Resolución No. 01691 (13 de octubre de 2020)

• Autoridad Nacional de Licencias Ambientales - ANLA - Resolución No. 01216 (31 de julio de 2018)

• Contrato No.169 Acceso a recursos genéticos (21 de marzo de 2018)

• Autoridad Nacional de Licencias Ambientales - ANLA - Resolución No. 01140 (30 de septiembre de 2016)

• Ministerio de Medio Ambiente - Resolución No. 1367 (29 de diciembre de 2000)