El Consejo Superior de la Universidad de la Amazonia, mediante Acuerdo No. 05 del 26 de febrero de 2004, derogó los Acuerdos No. 016 y 064 de 1994 y adoptó la Estructura Interna de la Institución, estableciendo dentro de la misma a la Oficina Asesora Jurídica.
Es la dependencia de carácter asesor, encargada de prestar apoyo en los asuntos legales, judiciales y extrajudiciales, a todas las dependencias de la Universidad de la Amazonía en los asuntos que se requieran y que correspondan a la naturaleza de sus funciones. Depende directamente del Rector.