La Universidad de la Amazonia en Florencia tiene su origen en el Instituto Tecnológico Universidad Surcolombiana (ITUSCO) cuya sede principal fue la ciudad de Neiva en el Departamento del Huila.

Como seccional en Florencia inicia sus actividades en 1971 ofreciendo cuatro programas a nivel tecnológico: Ciencias Sociales, Matemáticas, Contaduría y Topografía. Con la ley 13 de 1976 ITUSCO se transformó en la Universidad Surcolombiana, en consecuencia el ITUSCO-Florencia se transforma en su seccional, cuyas actividades son orientadas desde tres facultades: Ciencias de la Educación, Ciencias Agropecuarias y Ciencias Contables y Económicas. 

En 1982, a través de la ley 60 del 30 de diciembre sancionada por el entonces presidente de la república, Doctor Belisario Betancur Cuartas, la seccional de la Universidad Surcolombiana es transformada en la Universidad de la Amazonia.

Nuestra universidad es oficial, del orden nacional y su misión, visión, objetivos, funciones y políticas están orientadas a contribuir al desarrollo sostenible de la región amazónica. Se conocen plenamente los retos y compromisos, no solo los que se derivan de los estatutos vigentes que tienen que ver con el desarrollo de programas acordes con las particularidades de la región, con la cualificación del talento humano a través de la difusión del conocimiento científico y tecnológico, y con la investigación en la Amazonia, sino los que ha impuesto la Declaración Mundial sobre la Educación Superior en el Siglo XXI: Visión y Acción, aprobada por la UNESCO en octubre de 1998. La declaración amplía el horizonte y el quehacer de la Educación Superior para el próximo milenio, en aspectos sobre los cuales ya se trabaja: la acreditación, la cobertura, el acceso a la universidad, la internacionalización, las nuevas tecnologías educativas, etc.